Aralarko mendigunea Euskal Herriaren bihotzean kokaturik dago, Gipuzkoaren eta Nafarroaren artean zubi-lana eginez. Mazizo karstiko honek 208 km²-ko hedadura du eta Txindoki mendia da mendizerrako tontorrik ezagunena. Mendigunearen goialde muinotsua ardiek, behiek eta zaldiek ustiatzen dituzten larreez estalirik dago, eta mendigunea pagoak nagusi diren malda malkartsuek mugatzen dute. Ingurune honek, balio natural handiaz gain, badu balio historikoa ere, historiaurreko aztarna ugari aurkitu baitira bertan. Gipuzkoari dagokion eremua Parke Naturala da.

Mendigunearen goialde aziendak ustiatzen dituen larre mesofiloak dira nagusi. Belardi lehorrak ere aurki daitezke, baina horien hedadura txikiagoa da.

Mendigunearen maldetan pagadiak dira nagusi. Baso horietan, nahiko ohikoak dira, pagoez gain (Fagus sylvatica), haginak (Taxus baccata) eta gorostiak (Ilex aquifolium) ere. Dena den, altuera baxuko lekurik heze eta ospelenetan hariztiak (Quercus ruber) ere badaude, eta kareharria azaleratzen den guneetan arteak (Quercus rotundifolia) ere aurki daitezke, hegoaldean batez ere.

Aralar mendigunearen azalera ia guztia itsas jatorriko arroka sedimentarioz –kareharriak– osaturik dago, hau da, Jurasikoan eta Behe Kretazikoan zehar (200-100 milioi urte inguru) itsas azpian metatu ziren arroka motez, egitura sedimentario trinkoa osatuz. 

Beranduago, Eozeno eta Oligozenoan zehar (duela 40 milioi urte inguru), orogenia alpetarrarekin, Iberiar eta Eurasiar plaken arteko talka eman hala, itsaso azpian zeuden arroka hauek azalera atera ziren konplexutasun handiko egiturak sortaraziz.

Gaur egun, egitura geologikoari dagokionez, Euskal Arkuko barneko antiklinorioaren barne dago Aralar (Aizkorri-Aratz, Anboto edota Gorbeia bezala). Antiklonorio honetan, antiklinalen tolestura bikoitza da, eta gainera, iparralderantz dago zamalkatua. Hori dela eta, gunerik malkartsuenak iparraldean zein ipar-ekialdean aurkituko ditugu (Txindoki, Balerdi, Mailoak...).

Aralarko mendilerroa, nagusiki kareharriz osaturiko gunea izaki, bertan ikus daitezkeen prozesu eta forma geomorfologikoak, gune karstikoetako ohikoak dira, hala nola, dolinak, ubalak, lapiatzak eta abar.

Honez gain, egitura endokarstikoak (edo barnekoak) ere ugariak dira, haitzulo eta galeria ugari baitaude lurrazpian. Espeologoek 850 leku ezberdin ikertu dituzte, horietako gehienak sakonera handia duten leizea direlarik (Omarzarretakoa adibidez). Haitzuloetako erreka batzuk 11 kilometroko hedadura eta 870 metroko jauzia izatera hel daitezke.

Bestalde, Pleistozenoko garairik hotzenetan glaziazioen eragina ere izan zen Aralarreko mendilerroan. Honen adierazle dira, azken glaziazioak utzitako Arritzagako haran glaziar txikia (Pardeluts iturritik gora) eta morrena arrasto batzuk.

Aralarko mendiguneako lurrak bi herrialdetan banaturik daudenez, haiengan eragiten duen legedia ezberdina da. Gipuzkoako eremuak Parke Natural izendapena dauka, eta horrez gain Batasunaren Intereseko Lekua (BIL) eta Hegaztien Babes Berezirako Eremua (HBBE) ere bada. Nafarroakoak, aldiz, ez du probintzia mailako kontserbazio-figura berezirik, baina mendigunearen eremua Batasunaren Intereseko Lekua (BIL) da herrialde horretan ere.

Naturgune honen hedadura handia dela eta, leku askotatik iritsi daiteke Aralarrera.